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보건행정학전공은 의료기관, 공공기관, 제약회사 등 다양한 보건의료 관련기관들에서 과학적이고 합리적인 경영전략을 연구하고, 보건행정, 의료정보관리, 경영연구 등을 담당할 전문 인력을 양성하는 학과이다. 충북 도내의 4년제 대학으로는 처음으로 우리대학에 의료경영학과가 2010년 신설되었으며, 2018년 보건행정학전공으로 학과 명칭을 변경하였다.
최근 의료기관들은 전략적으로 조직의 규모를 점차 대형화, 종합화하거나 진료분야를 전문화, 특성화하는 경향이 있어 의료기관별 발전방향과 경영전략에 부합하는 전문성을 갖춘 우수 인재의 수요가 크게 증가하고 있다. 또한 보건의료분야가 인적자본과 기술 및 재원이 집약되는 고부가가치 산업분야로 육성되면서 국가 성장동력의 중요한 중심축으로 자리 잡고 있어 의료기관 뿐만 아니라 제약회사, 민간보험사, 정부 산하기관 및 각종 단체에서 글로벌 마인드를 가진 보건의료 전문인력을 요구하고 있다.
청주대학교 보건행정학전공은 충청남북도는 물론 서울 등 중부권 의료기관들에 접근이 용이한 지리적 여건을 가지고 있으며, 인근에 들어선 오송 첨단의료특화복합단지 및 보건의료행정타운(식품의약품안전처, 질병관리본부 등 6개 국책기관)과 산ㆍ학ㆍ연 연계가 활발히 진행됨에 따라 향후 더욱 발전해 나갈 것이다.
그동안 배출한 졸업생들은 상급종합병원과 국립대학교병원, 국책기관 등에서 보건행정업무 및 경영 관리업무, 의료정보 관리업무, 정책연구업무 등을 수행하고 있으며, 2014년과 2015년 교내 2년 연속 취업 최우수학과로 선정되기도 하였다.

보건행정학전공은 본교의 교육이념인 실학성세(實學成世, 실용학문을 바탕으로 성숙한 문화세계를 창조하자)의 정신을 이어받아 국민의 건강을 증진·향상시키고, 보건의료 서비스와 관련 산업을 활성화하는 등 국가보건의료체계 내에서 중추적 역할을 수행할 대학 4대 핵심역량(창의/실용ㆍ융합/소통/인성)을 갖춘 21세기 글로벌 인재를 육성하는 것을 그 교육목표로 한다.
특히 양질의 의료서비스 제공에 대한 학문적 이해를 바탕으로 보건정책, 병원경영 및 의료정보분야의 이론과 방법을 체계적으로 습득하여 보건의료전문가로서의 창의적 사고와 실무능력을 갖춘 인재를 양성하고자 한다.

보건행정학전공 졸업생의 경우 매년 90%에 가까운 취업률을 보이고 있으며, 대부분 전공분야인 의료기관(원무과, 총무과, 의무기록실 등)과 보건복지부산하 공공기관(질병관리본부, 한국보건산업진흥원, 한국보건사회연구원, 한국보건복지인력개발원 등), 보건직공무원, 의료정보회사, 의료컨설팅회사 등에서 전문적인 능력을 발휘하고 있다.

*취득자격증: 의무기록사(국가자격증), 병원행정사(국가공인자격증), 의료보험사(협회공인), 사회보험사(협회공인), 보건교육사(국가자격증)